El Municipio de Colón se localiza en la parte Noroeste del estado, entre las coordenadas geográficas al Norte 20°56’ y al Sur 20° 34’ de latitud Norte y al Este 99°56’, al Oeste 100°16’ de longitud Oeste. Colinda al Norte con el municipio de El Marqués, el estado de Guanajuato y el municipio de Tolimán; al Este con los municipios de Tolimán, Ezequiel Montes y Tequisquiapan; al Sur con los municipios de Tequisquiapan, Pedro Escobedo y El Marqués; al Oeste con el municipio de El Marqués. Su cabecera Municipal se ubica a 59 kilómetros de la Capital del Estado y a 210 km. de la ciudad de México con una altitud de 1900 MSNM. La ubicación geográfica del Municipio le da gran accesibilidad a las ciudades de mayor importancia del estado que son Querétaro y San Juan del Río, así como a zonas industriales y turísticas importantes de la entidad como Ezequiel Montes, Bernal y Tequisquiapan.

Colón cuenta con una extensión territorial de 764.96 km. cuadrados, correspondiente al 7.1% de la superficie del Estado, ubicándose en el séptimo lugar estatal.

La mitad del Municipio es su parte norte es de montañas, altas mesetas y grandes cañadas, es un extremo de la provincia fisiográfica Meseta del Centro. La mitad sur son llanuras y cerros y lomas aisladas que forman parte del Eje Neovolcánico Trasmexicano.